佛山佛山出入境检验检疫局由原佛山进出口商品检验局、佛山动植物检疫局和佛山卫生检疫局合并组建，是国家设在佛山的涉外行政执法机构，负责佛山禅城区和三水区的出入境检验检疫、鉴定、认证和日常监管等行政执法工作。作为广东出入境检验检疫局直属分支机构，实行由广东出入境检验检疫局直接领导的垂直管理体制。内设办公室、人事政工科、纪检监察科、财务科、检务科、综合业务科、卫生检疫科、动植物检疫科、机电科、陶瓷科、轻纺科、化矿科等12个科级机构。下设三水办事处、澜石办事处、火车站办事处、新港办事处和快件监管办事处五个副处级办事处。下属事业单位有佛山出入境检验检疫局综合技术中心和国际旅行卫生保健中心等。
佛山多年以来，佛山出入境检验检疫局按照国家质检总局、广东出入境检验检疫局和佛山市委、市政府的要求，一方面严格履行为国把关的神圣职责，一方面积极改进工作方法，不断提高工作效率和工作质量，为促进佛山外向型经济的快速健康发展作贡献。在疫情截获、进口机电把关、实验室建设等方面取得显著成绩。在服务地方经济的过程中，佛山检验检疫事业也得到了快速的发展。
佛山佛山出入境检验检疫局的实验室建设已初具规模，具备对农畜、食品、化工、机电、家电、轻工、纺织、服装、纺织原料等多种大类商品的质量检测能力，具备对进出口商品的数量、重量、包装、残损鉴定和外商投资财产价值鉴定的能力，具备动植物检疫、卫生检疫能力，具备对出入境人员传染病监测和动植物疫病检测的能力。综合技术中心下设有建筑卫生陶瓷实验室、电光源实验室、动植物检疫实验室、卫生检疫实验室、食品实验室、纺织实验室、化矿实验室7个专业实验室，全部通过中国国家实验室认可委员会（ CNAL）的认可。
佛山佛山出入境检验检疫局自组建以来一直把科技工作摆在重要位置，认真贯彻落实国家局和广东局有关科技工作的指示精神，紧密结合工作实际组织申报科研项目和标准制修订项目，先后多次承担国家局及广东局的科研课题。2007年2月，佛山出入境检验检疫局与佛山市禅城区政府和广东检验检疫局技术中心联合签署了合作共建国家级金属与金属材料、建筑卫生陶瓷、生态纺织品等三个重点实验室框架协议。经过近一年时间的建设和试运行，三个国家级重点实验室具备了强大的检测、研发能力。2008年1月，三个重点实验室在佛山禅城开始正式运行。佛山的金属、陶瓷、纺织服装等三大传统产业迎来了强大的技术支撑，并可在家门口――禅城享受到一流的报检、检测、认证、标准信息咨询等“一站式”服务。